《琵琶记》作为南戏之祖，在明清曲谱发展史上具有重要的示范意义，无论是作为南曲曲谱编纂中的经典案例，还是作为戏曲创作文本的典型代表，都对明清戏曲音韵格律及文本形态产生重大影响。吴梅以《琵琶记》为研读对象，思考曲谱中案头与场上、南北谱异议、古今曲谱变迁、词曲互动等戏曲史宏观问题，深度阐释《琵琶记》的典范性及对戏曲文体发展的价值，其研究对经典名剧《琵琶记》的当代传播具有承前启后的重要意义。
吴梅在中国传统戏曲研究的基础上，有感于“填词之道，则缺焉不论，遂使千古才人欲求一成法而不可得。于是宗《西厢》者，以妍媚自喜；宗《琵琶》者，以朴素自高，而于分宫配调，位置角目、安顿排场诸法，悉委诸伶工，而其道益以不彰” ，又说“虽有《中原音韵》及《九宫曲谱》二书，亦止供案头之用，不足为场上之资” ，从而历十年而成（ 1921年至1931年） 《南北词简谱》 ，“欲立一定则，为学子导先路” 。在《自序》中道出了自己用力之深、用心之巨，“竭毕生自之心力，而所成者仅此” 。1939年春吴梅病逝前夕将手稿本托付给门徒卢前，并嘱托道：“往坊间所出版诸书，听其自生自灭可也，惟《南北谱》为治曲者必需，此则必持付刻者。 ”吴梅弟子王季思回忆：“独《南北词简谱》十卷，乃先生竭毕生精力，总结明初以来各家曲谱，广引金元杂剧、散曲、明清传奇，加以比较、归纳、分析、疏通之作。先生平日最所自矜，并世亦无与抗手。 ”可见， 《南北词简谱》倾注了吴梅的巨大心血，是其平生最为看重之作。此谱以“简而明”的特点，期待在识曲、制曲、度曲方面对后学有指导意义。 《简谱》共遴选最具代表性的南曲曲牌880支，大多数为文学史上有一定影响或在舞台上经常演唱的名曲，其中《琵琶记》曲牌69支，每支曲牌后都有一段说明文字，除把旧曲的疑难加以解释之外，还把该曲牌的作法、增句、板式、务头、唱法等作了说明，在这些说明文字中，用《琵琶记》作例证的曲牌有29支，也就是《南北词简谱》共征引《琵琶记》曲牌98支。
回溯明清戏曲发展史，以《琵琶记》为代表的宋元经典剧目，始终是曲谱首选，如明嘉靖年间蒋孝的《旧编南九宫谱》 ，首开南曲曲谱编纂之先河，共计称引503首例曲，其中《琵琶记》占70首，此后，万历年间沈璟《南曲全谱》 ，明末清初徐于室、钮少雅《南曲九宫正始》中《琵琶记》始终占比甚高，“填词家若欲套数得宜，牌名匀称者，宜取元明以来传奇、散曲效法之。所谓校法者，当择传奇、散曲中之佳者，如《琵琶》 ” 。 《简谱》在古典曲谱研究成果基础上，以《琵琶记》为例证，对曲谱格律进行了勘误、定格与辨疑，厘清了戏曲史中聚讼不已的疑难问题，提出了悬而未决有待进一步考证的问题，强化《琵琶记》曲牌格律经典性的同时，为古典名剧《琵琶记》曲调格律的现当代传播提供了具体而可操作的路径。
正如明胡应麟说：“ 《琵琶》特创规矱。 ” （胡应麟《琵琶记与西厢记之比较》 ）《琵琶记》副末开场中高明自云“不寻宫数阙” ，但其音律曲调始终以典范性的姿态存在于明清戏曲发展史上，嘉靖年间，魏良辅探讨声律，考订《琵琶记》板式，造水磨调，“历世三百，莫不俯首倾耳，奉为雅乐。 ” （吴梅《曲选自序》 ）吕天成在《曲品》中将《琵琶记》列为“神品” ：“其词之高绝处，在布景写情，色色逼真，有运斤成风之妙。串插甚合局段，苦乐相错，具见体裁。可师可法，而不必议者也。 ” （吕天成《曲品》 ） 《琵琶记》 “可师可法”的艺术创造，始终为曲家所追慕。吴梅在《奢摩他室曲话》中总结道：“自高东嘉《琵琶记》出，南曲之名遂定……然其工整处，则皆以是为正宗，不敢亵视之也。 ”
“谱有定格，句有定式，字有定声”是曲谱编纂的基本要求，吴梅一方面指明《琵琶记》首创的曲谱格式，一方面以《琵琶记》为证，确定曲牌正格。吴梅经过详细考辨，指明《琵琶记》首创的南曲曲谱格式，南北曲双调中均有【步步娇】曲牌，而其间的变化起自《琵琶记》 。 《南北词简谱》引用散曲作南曲的例曲：“楼阁重重东风晓，只见玉砌兰芽小。垂杨金粉消，绿映河桥，燕子刚来到，心事上眉梢，恨人归不比春归早。 ”注云：“此调必用在首支，必用赠板，用仄韵处须去上相间。凡在南曲，上声字最要注意，全支四仄韵，而‘晓’‘小’‘早’三字，皆上声，音调复矣。‘绿映河桥’二句，实止七字，自《琵琶》云：‘试问他家住在何处’ ，于是皆作四字句二。 ”而《南北词简谱》北曲【步步娇】例曲为：“忆盼了萧郎无归计，闷把牙儿抵，空叹息，听得中门外玉骢嘶。转疑惑，原来鸟啼得琅玕碎。 ”注释则对南北曲进行了比较，云：“此实与南曲无异，但南曲‘空叹息’句作五字，‘听得中门’句作八字，‘转疑惑’句作五字耳。然细按板式，亦可作衬，是即从北词出也。 ”吴梅认为【步步娇】起源于北曲，而变化起自《琵琶记》 ，郑骞《北曲新谱》云：“南曲亦有此意，大同小异。其主要异点即为第四句北曲七字，南曲变为两个四字句。 ”杨栋先生认为吴梅此说：“洵为的论。 ”（杨栋《元曲起源考古研究》 ）再如【尾犯序】 【狮子序】 【望歌儿】 【忆多娇】 【祝英台】等曲牌， 《琵琶记》都有创获之功。
在阐释《琵琶记》经典性的同时，吴梅先生也认识到《琵琶记》存在的一些曲律、曲情问题并加以说明订正。其从历史发展的角度出发，考虑当时无曲韵可遵守的现实，认为元末明初出现此种舛误亦“当平心宽恕” ，而今人则必须加以注意：“高则诚之《琵琶记》 ，亦有错误，支时与鱼模不分，歌罗与家麻并用，自谓不屑寻宫数调，其实贻误后学者至巨。在古人犹可推诿也。其时词家，大抵神于音律，且既无曲韵之可遵，又乏曲律之可守，空拳赤手，俨然成此七宝之楼台，即有舛误，亦当平心宽恕。 ”他在《琵琶记·读曲记》中说：“余独谓记中佳处固多，而遇拙滞钝用韵夹杂处，亦复不少，故仅录五折，他如《陈情》 《赏荷》 ，通体不称者，且割爱焉。 ”并在【桂枝香】 （ 《疗妒羹》 ）“魂还非谬，词传可久。若不信拔地能生”曲后注云：“此调声韵至佳，情略觉呆板耳。凡用此调二支或四支后，便可接用长、短拍，文字最为紧凑。‘临川泪流’句，用平平仄平为是。 《琵琶·赏荷》折云：‘一弹再鼓，思归别鹄。 ’止用平平仄仄，终不美听也。 ”
近代以来，戏曲研究开始进入大学讲堂，吸引了一大批研究者关注戏曲发展，其中，吴梅功不可没，其将文献考辨与戏曲实践教学、戏曲理论批评与戏曲舞台表演相结合，“为歌者定字谱，为作家立正鹄” ，撰写《中国戏曲概论》 《顾曲尘谈》 《南北词简谱》等简明扼要的戏曲教材，为传承和构建近代戏曲文化传统作出了重要贡献。 《琵琶记》作为戏曲经典，成为近代戏曲研究与教学传授的对象。吴梅以《琵琶记》为楷模，定格曲谱的体式格调，辨证戏曲作品以及戏曲曲谱的规范，解释戏曲史中长期存在的南北曲源流、词曲互动等疑难问题，“不独树歌场之规范，亦立示文苑以楷则” 。吴梅的《琵琶记》研究，促进了戏曲经典的近现代传播与接受，推动了近现代戏曲理论及舞台实践的发展。