1990年代以来，乡土小说主要在四个主题域展开想象：
社会问题。这是中短篇乡土小说的关注焦点，中短篇快捷灵活的艺术特点，使它一向具备迅速介入现实的活力。1990年代中短篇乡土小说走出文化寻根的古老蛮荒，在“新写实”影响下回归现实生活，尤其凸现关注社会变革的问题意识。刘醒龙、何申、关仁山、谭文峰、陈源斌、张继、彭瑞高等一大批作家，都能敏锐关照农村社会现实，发现改革深化过程中不断产生的社会矛盾，以及带给农民的心灵震荡。乡土小说对农村社会问题的热切追踪，最大程度地发挥了文学介入生活改变现实的文化实践功能，无论其艺术水平如何，自有不可小觑的意义在。
进入1990年代以来，社会问题小说与政治导向形成了更加明朗的良性互动关系。舆论大、形势严峻的社会问题，往往受到乡土作家不约而同的关注，例如：生态、民工遭受不公正待遇等热点问题，都在乡土小说中得到适时反映。另一方面，国家对公益性文化副业的扶持，也在有效引导乡土小说的问题意识。“三农”问题的升温，为农村题材赢得更多青睐，反过来也促进了问题小说的发展。当然，根深蒂固的为政治服务传统和市场经济反价值的文化影响，也导致当代问题小说对社会问题的批判似乎欠缺义正词严的力度，有意无意之间常常表露出无可奈何的容忍态度，加以失之油滑的幽默，因而削弱了艺术感染力和思想尖锐性。但是，换个角度看，这种中庸立场恰恰出自平民心态，也是转型期时代精神的形象诠释。
生存状态。由于1980年代文化热的辐射，文化批判再次成为文学想象的重要视域，文化获得了超越政治超越现实的价值，寻根文学也被文化热推上一个创新高峰。然而，寻根文学的文化批判往往瞩目于蛮荒时代、山林野地的原始文化或奇风异俗，远离现实社会、生活气息，更接近于文化人类学考察报告。1990年代以来，这种缺乏活力与现实指涉的文化寻根在乡土小说中已然绝迹。虽然国民性批判、文化批判依然是当代乡土小说建构想象的主要方式，大概所有乡土小说家都写过相关文字，但是，不同于新文学时期及1980年代为现代化张目的国民性批判，1990年代的文化批判已发生重大变异。文化多元主义、现代性理论、生态学及多种后现代理论开辟了全新文化视域，而市场时代的世俗化潮流也迫使文学想象尽可能贴近当下生活实际，因而当代乡土文化小说显得思想开阔且平易近人。文化视角不再是单向度二元对立，而是在城乡之间、在现代文明与农业文明的相互映照、相互比较中提出问题，开放性地思考文明进程中的历史悖论。另外，生存状态的客观呈现也成为许多作家摆脱主题先行的叙事策略。
相对而言，陕西、河南等腹地作家在乡土文化批判方面尤其用力，比如河南作家乔典运、阎连科、李佩甫，陕西作家杨争光、黄建国等。另一方面，铁凝、王新军、红柯、陈继明等作家则在文化省思中发现传统文化的活力与魅力，皈依自然生命的宁静、庄严、圣洁、野性力量在乡土生存现实中找到了对抗和补偿现代文明缺失的文化基因。另外，阎连科、鬼子等人的苦难写作也展现了新的写作路向。可以说，当代文化乡土小说继往开来，充满省略，是乡土主题想象域中一个不可或缺的稳定因素。
历史反思。这是1990年代以来乡土小说取得重大突破的领域，当代乡土小说的厚重之作大都集中于这一领域。历史本身的意义层积和文化价值，加以超越现代性的思想质疑，铺就了一条深度诱惑之途，这是此类小说吸引作家、评论家和读者的主要原因。陈忠实、莫言、赵德发、韩少功、阎连科等人以透视历史的高远目光，成就了乡土小说的当代经典。
实际上，历史反思始终是长篇小说驰骋想象的一个主要疆域，1990年代的历史反思与革命历史小说自然不可同日而语，即便与1980年代的同类小说如《芙蓉镇》、《古船》等相比，也显得更少禁忌，更彻底，更大胆，更个性化，更见主体思想深度，因此很多成为当代长篇小说的经典之作，如《白鹿原》、“农民三部曲”、《日光流年》、《马桥词典》、《丰乳肥臀》等。更重要的是，当代反思历史的优秀之作打通了历史与现实、历史与民族文化、历史与家园梦想之间的互渗渠道，使历史反思贯穿古今，最大限度地融合浩淼深沉的人类思想情感与想象，充分体现了长篇小说凝聚精神资源、灵性生命的巨大潜能。比如《日光流年》 ，既有半个多世纪的历史投影，又有权力文化影响下扭曲的国民性，还有回归生命本源的终极追问。毫无疑问，反思历史的乡土小说是乡土主题系统中最为厚重的意义构成，它融会贯通整个系统的各个层面，是当代乡土小说成绩卓著的主体部分。
家园守望。1990年代以来，乡土小说中的家园主题得到长足发展，贾平凹、张炜痛惜乡土文化、乡土生存方式的沦丧，为家园的失落高唱挽歌。迟子建、刘庆邦则营造理想的精神宝塔，把失乐园的隐痛寄托于爱与美、人与自然和谐的永恒梦想。如果说，1930年代，沈从文以无比敏感的艺术家心灵捕捉到乡土小说的灵魂——家园守望，那么在1990年代，这一主题终于春潮涌动，蔚为大观，且更具清醒的理性自觉和批判意识。家园乡土小说致力于精神家园的重建，是当代小说最富生命力、最具美学品格的艺术追求，当代乡土小说因而超越历史、回归本源，建立起乡土小说主题想象系统的中心轴，使之成为一个完整的动力系统。
以上四个方面构成当代乡土小说的主题性想象系统，与1990年代以前各个时期乡土小说相比，应该说，这个系统结构合理，充满活力。从最外层、最活跃的社会问题，到生存状态、文化性格等更恒久更内在的精神层面，再进入深邃宏大的历史思考，最后抵达人类精神的终极归属，也是乡土小说的核心——家园之梦，由外而内层层递进，形成一个完整有序、有机互动的想象世界，足以展现当代乡土小说深厚宽广的多层面人文关怀：不仅继续发展批判现实、剖析国民性等乡土小说传统主题，还大力开拓反思历史、守护家园等新的主题想象域，从而大大扩宽乡土小说的美学视域，使乡土小说更上层楼，展现一派欣欣向荣的新气象。